Bağımsız Azerbaycan'da Türkiye'nin dışında Türk Dünyasında ilk defa yapılan serbest seçimler neticesinde Elçibey devlet başkanı oldu. Geldiği makamı davasına, fikir ve inançlarına hizmet aracı olarak görüyordu. Büyük idealleri vardı, bunlar Azerbaycan ile sınırlı değildi. Çünkü Elçibey milletine sevdalı, milli şuur sahibi, meseleleri Azerbaycan ile sınırlı düşünmeyen, engin ufuklara sahip bir ülkücüydü. İlk hedefi Ermeni baskısını ve Rus tehditlerini bertaraf eden, bağımsız politikalar izleyebilen güçlü bir Azerbaycan'dı. Bunun hemen ardından , Güney Azerbaycan ile birleşmeyi geciktirilmemesi gereken bir süreç olarak düşünüyordu. Ancak, bu hedefleri ideallerinin gerçekleşmesi açısından yeterli görmüyor, esas hedefin Türkiye ile Azerbaycan'ın siyasi beraberliğini sağlanması olduğuna inanıyordu.
Elçibey projelerinin saklamayı hiç düşünmedi. Haklılığının ihtiyacı olan gücü kendisine sağlayacağına inanıyordu. Başta Türkiye olmak üzere Türk dünyasından umudunu ilgiyi görmemesi, çevresinde yeterli anlayış ve beceriye sahip kadroların bulunmayışı onu hiç yıldırmadı. Ancak açıkladığı amaçlar gerek şahsına, gerekse bağımsız Azerbaycan'a karşı amansız düşmanlar ve keskin düşmanlıklar doğurmuştur. Rusya, İran ve Ermenistan ilan edilmemiş bir ittifak çerçevesindeki dört bir yandan yüklenmeye başladılar. Yıllar boyunca Rus uşaklığını meslek ve meşrep edinenler bu husumet cephesinin gönüllü ve coşkulu işbirlikçileri oldular. Ermeniler Rus desteği ile Karabağ'a saldırırken, cephede görev yapmak yerine, Elçibey'e karşı planlanan komploda yer almayı tercih eden Suret Hüseyinov ve ortakları, Bakü'ye karşı ayaklandılar. Elçibey bir yol ayrımındaydı. Ya isyancılara karşı silahlı direnişe yönelecekti ve bir içi savaşın kaçınılmaz sonuçlarına katlanacak, ya da makamından ayrılacaktı. O sıralarda önemli bir askeri gücü elinde bulunduran Afganistan'daki Türklerin lideri Raşit Dostum, kendisine yardıma hazır olduğu haberini iletmişti. Ancak bir içi savaş Ruslara bekledikleri fırsatı vermek olacaktı. Elçibey yakınlarına "İktidardan el çektirilsek bile, Ermenilerle savaş halinde, bin bir emekle kurduğumuz bu devleti içi savaşın içine çekmeyeceğiz" dedi. Bakü'den sessizce ayrılıp Keleki'de ki köyüne çekildi. Ne o günlerde ne de daha sonra, Türkiye'den gerekli yardımı görmediğinden yakınmadı. Hatta Karabağ'daki yaralıları taşımak için yana yakıla istediği helikopterlerin verilmeyişini birle dile getirmedi. Köyünde yılarca can güvenliği sağlanmadan, büyük maddi imkansızlıklara katlanarak,sessiz ve mütevazı yaşadı. Nice zamandan sonra Bakü'ye dönmesine ve Azerbaycan dışına çıkmasına izin verildi. Geçen yıl Sivas milletvekili Mehmet Ceylan'ın şahsen sağladığı imkanla Türkiye'ye gelmiş ve sağlık kontrolünden geçmişti. Rahatsızlığı açıklanmıyordu, ama durumu ciddiydi. Ancak Elçibey bunu hiç önemsemiyordu. Kendisine Türk Ocakları Şeref Armağanı verildiği Nisan ayındaki Kurultayda salonu dolduran Ocaklıların ayakta dakikalarca süren alkışlarına, coşkulu tezahüratına teşekkür ederken her zamanki gibi mütevazı, alçak gönüllü ve alabildiğine duygusaldı. Kasım ayında yapılacak Azerbaycan seçimlerine katılacağını, sonuçlardan çok ümitvar olduğunu söylüyor, davasına, ideallerine sarsılmaz inancını ortaya koyuyordu, milletine güvenini hiç kaybetmemişti. Gerek Kurultay'da gerekse başka yerlerde yaptığı konuşmalarda onu zevkle dinlerken hastalığının kısa sürede vahim bir seyir izleyeceğini ve ölümcül olduğunu hiç düşünmedik. Bu sımsıcak gönüllü, imanlı ve azimli dava adamının varlığını başta Azerbaycan olmak üzere bütün Türk dünyası için ne büyük anlam taşıdığını biliyor ve ondan Türklük için daha nice hizmetler bekliyorduk. Elçibey Türk dünyasının birlik ve beraberliğinin, milli uyanışın, millete hizmet ülküsünün canlı bir abidesiydi. Daha da önemlisi Türk dünyasında onun şuur ve idrak ufuklarına sahip siyasi liderlerin adedi ne yazık ki fazla değildi.
Esenboğa'da tabutu başında yapılan mütevazı tören sırasında yanı başımda hıçkırarak ağlayan Azerbaycanlı delikanlının saçlarını okşadı, Elçibey'in içimizi dolduran sevgisiyle göğsüme bastırdım ve "ağlama" dedim "şimdi Elçibey sizlersiniz, onun fikirlerini, ideallerini, amaçlarını siz gerçekleştireceksiniz. Her biriniz birer Elçibey olmaya hazır mısınız?"
Delikanlının cevabını bulunduğumuz ortamda duyabilmem imkansızdı. Ancak bu sorununu bütün milliyetçi çevreler için geçerli olduğuna ama en ülkücü gençlik için hayatiyet taşıdığına inanıyorum. Elçibey'lerin şanla ve şerefle taşıdıkları hizmet bayrağı şüphesiz hiç sahipsiz kalmadı. Ama gene de sormadan edemiyorum: "Var mısınız, hazır mısınız, hodri meydan" !